پزشکان علت دقیق سیستیت بینابینی را نمی دانند، اما بسیاری از محققان بر این باورند که در ابتدا در اثر آسیب به لایه مثانه ایجاد می شود.
در طی تحقیقی، محققان دریافتند که بسیاری از افراد مبتلا به التهاب مثانه پروتئینی به نام فاکتور ضد تکثیر یا همان APV))antiproliferative factor تولید می کنند که مثانه را به ادرار حساس می کند. این پروتئین از رشد سلولهای مثانه جلوگیری می کند، بنابراین ممکن است در هنگام آسیب از بهبود مثانه جلوگیری کند.